En bioquímica, complejo proteico es un grupo de dos o más proteínas. Los complejos proteicos son una forma de estructura cuaternaria. Las proteínas en un complejo están enlazadas mediante enlaces no-covalentes (interacciones proteína-proteína). Diferentes complejos tienen diferentes grados de estabilidad dependiendo de su función. La formación de un complejo proteico, a menudo, sirve para activar o inhibir la unión de otro componente, en un momento determinado una proteína puede interactuar con otra en lapsos cortos de tiempo (transducción de señales) o se pueden establecer interacciones fuertes y duraderas (cadherinas, unión de las células epiteliales).
Las proteínas individuales pueden participar en la formación de una gran variedad de complejos proteicos, diferencias en las composiciones de dichos complejos conllevan a que difieran en función, un ejemplo es la función de proteínas involucradas en la apoptosis, en condiciones normales una proteína puede estar involucrada en la sobrevida, sin embargo, luego de una cascada de señalizaciones esta proteína podría gatillar cambios que conduzcan a la muerte de la célula. La variabilidad de interacciones de una proteína individual con otras depende de muchos factores, algunos de ellos son: